Principe : on insère la commande \marginpar{le texte de la note} juste après le mot associé à la note.

Exemple :

Code de l'exemple :

\documentclass[12pt,a4paper]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[french]{babel}
\usepackage[marginparwidth=2cm]{geometry}
\begin{document}

\section{Déclaration des droits de l'homme et du citoyen}
Les Représentants du Peuple Français, constitués en Assemblée nationale\marginpar{ceci est une note} , considérant que l’ignorance, l’oubli ou le mépris des droits de l’homme sont les seules causes des malheurs publics et de la corruption des Gouvernements, ont résolu d’exposer, dans une Déclaration solennelle, les droits naturels, inaliénables et sacrés de l’homme,...

\end{document}

Document .tex de l'exemple : notesdansmarge.tex

Note : Les notes dans la marge ne sont pas numérotées et la commande \marginpar ne peut pas être utilisée dans des tableaux et dans de nombreux environnements.
La place disponible pour les notes dans la marge étant limitée par défaut, on peut l'augmenter via l'option marginparwidth= de l'extension geometry (voir le code de l'exemple).