A) Utilisation de l'extension glossaries

Principe :
On insére dans le préambule de son document les commandes :

\usepackage{glossaries}
\makeglossaries

Pour déclarer une entrée dans le corps du document :

\newacronym{TEM}{TEM}{scanning electron microscope}

Utilisation de l'entrée dans le document :

\gls{TEM}

Pour faire afficher le glossaire là où on le désire (dans le corps du document)

\printglossaries

Exemple minimaliste :

\documentclass[10pt,a4paper]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{glossaries}
\makeglossaries
\usepackage[frenchb]{babel}
\begin{document}
\newacronym{TEM}{TEM}{scanning electron microscope}
blabla \gls{TEM}
\printglossaries
\end{document}

Fichier de l'exemple : glossaire.tex

B) Compilation avec Texmaker

1. Options -> Configurer Texmaker -> Commandes : remplacer la commande Makeindex par
   makeindex %.glo -t %.glg -s %.ist -o %.gls
   
2. Principe de la compilation : on compile une fois avec pdflatex (F6) ou latex (F2), puis une fois avec makeindex (F12), puis une fois avec pdflatex (F6) ou latex (F2)

Automatisation du processus avec la "compil rapide" de Texmaker :

1. Options -> Configurer Texmaker -> Compil rapide : sélectionner le mode "Utilisateur" et cliquer sur le bouton "Assistant"
   
2. Ajouter Pdflatex, Makeindex,Pdflatex et Afficheur Pdf
   
3. Il suffit alors de compiler son document avec la "compil rapide" (F1 ou barre d'outils)
   

Note : on peut aussi utiliser une des 5 commandes "utilisateur" pour créer un profil de compilation similaire (Menu "Utilisateur" -> "Commandes Utilisateur" -> "Editer Commandes utilisateur")
Les commandes "utilisateur" bénéficient du même assistant que la "compil rapide utilisateur" et sont accessibles via la barre d'outils et les raccourcis-claviers (Alt+Maj+F1...F5)